Getreu ihrem Namen verfolgt die Biomedical Sequencing Facility (BSF) das Ziel, den Zugang zur mitunter komplexen Technologie des Next-Generation Sequencing (NGS) zu erleichtern, indem sie die Einstiegshürden senkt. Wir bieten sowohl Beratung als auch praktische Dienstleistungen entlang des gesamten experimentellen Workflows an – von der Projektplanung und Optimierung der Probengewinnung über die Library-Präparation, Sequenzierung, bioinformatische Analysen und das Datenmanagement bis hin zur Einreichung bei öffentlichen Sequenzdatenarchiven vor der Publikation.
NGS-Beratungsleistungen
Wir beraten Sie gerne und bringen unsere Expertise bei der Auswahl geeigneter NGS-Protokolle, beim Studiendesign – etwa hinsichtlich der erforderlichen Anzahl an Replikaten oder der Frage, wie Batch-Effekte vermieden, minimiert oder zumindest im Nachhinein statistisch modelliert werden können – sowie bei der bioinformatischen Analyse der resultierenden Datensätze ein. Für Förderanträge erstellen wir routinemäßig Kostenvoranschläge.
Dienstleistungen zur Library-Präparation
Die BSF bietet die interne Präparation von NGS-Libraries für Whole-Genome-, Whole-Exome-, Transkriptom-, Epigenom- und Single-Cell-NGS-Projekte an. Die folgenden NGS-Protokolle bieten und evaluieren wir routinemäßig. Darüber hinaus unterstützen wir auch weniger häufig nachgefragte Assays oder kundenspezifische Protokolle. Anfragen richten Sie bitte an bsf[at]cemm.at.
Hochdurchsatz-Single-Cell-Assays
- Sondenbasierte Sequenzierung fixierter Zellen
- Optional mit Quantifizierung von Proteinmerkmalen (z. B. Oberflächenantigenen; CITE-seq) - 3′-Expressionsprofilierung lebender Zellen
- Optional mit CITE-seq - 5′-Expressionsprofilierung lebender Zellen
- Optional mit CITE-seq
- Optional mit Sequenzierung des B-Zell-Rezeptors (BCR) oder T-Zell-Rezeptors (TCR) - Single-Cell-Chromatinprofilierung
- Kombination aus 3′-Expressions- und Chromatinprofilierung
Als Ausgangsmaterial dienen fixierte oder lebende Einzelzellsuspensionen, optional mit Antikörperfärbung. Alle zusätzlichen Modalitäten basieren auf Expressionsinformationen und ermöglichen zusätzliche Messungen an derselben Zelle.
CITE-seq: Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing
Klassische Transkriptomik
- Strangspezifische mRNA-Shotgun-Sequenzierung mit UMIs:
PolyA-Selektion
- Geeignet für frisch extrahierte Gesamt-RNA-Proben mit einer RNA Integrity Number (RIN) von mindestens 7,0.
Depletion ribosomaler rRNA
- Geeignet für bereits fragmentiertes oder teilweise degradiertes Probenmaterial, beispielsweise Formalin-fixierte, Paraffin-eingebettete (FFPE) Gewebeschnitte. - Strangspezifische 3′-Transkriptomprofilierung mit PolyA-Selektion und UMIs
- Geeignet für größere Probenzahlen. - Small-RNA-Sequenzierung
- Low-Input-PolyA-Selektion (Smart-seq2)
- Geeignet für Pools FACS-sortierter Zellen (~200 bis 400)
- Geeignet für Single-Cell-Sequenzierung mit niedrigem Durchsatz - Immunprofilierung mittels BCR- und TCR-Sequenzierung
Als Ausgangsmaterial dient extrahierte Gesamt-RNA, die auf Trockeneis eingereicht bzw. versandt wird.
UMIs (Unique Molecular Indices): ermöglichen bei der Datendeduplizierung und Quantifizierung die Unterscheidung zwischen (künstlich erzeugten) PCR-Duplikaten und tatsächlich vorhandenen Molekülen.
Epigenomik
- Hochdurchsatz-Profilierung der Chromatinzugänglichkeit
- Methylierungssequenzierung:
- Enzymatische Konversion (EM-seq)
- Bisulfit-Sequenzierung
Beide Methoden sind entweder genomweit (WGBS) oder als Reduced-Representation-Ansatz (RRBS) mittels MspI-Restriktionsenzymverdau verfügbar.
Als Ausgangsmaterial dient extrahierte DNA.
DNA-Sequenzierung
- Whole-Genome-Sequenzierung
- PCR-frei, sofern ausreichend Probenmaterial zur Verfügung steht. - Umfassende Sequenzierung des menschlichen Exoms mit UMIs:
- Erkennung somatischer Varianten (Tumor- und Normalgewebe)
- Erkennung von Keimbahnvarianten (seltene Erkrankungen)
Kundenspezifische Protokolle
Die BSF unterstützt gerne bei der Implementierung kundenspezifischer Protokolle oder nimmt diese – bei ausreichender Nachfrage – in ihr reguläres Serviceportfolio auf. Anfragen richten Sie bitte an bsf[at]cemm.at.
Sequenzierungsdienstleistungen
Die BSF verfügt über Zugang zu einem hochmodernen NovaSeq-X-System, das Sequenzierleistungen in bisher unerreichtem Umfang bei wirtschaftlich konkurrenzfähigen Kosten pro Base ermöglicht. Die zuverlässige Sequencing-by-Synthesis-NGS-Technologie erzeugt Short Reads von bis zu 300 Basen in Single-End- oder Paired-End-Konfiguration und kombiniert einen hohen Durchsatz mit einer niedrigen stochastischen Fehlerrate (≤ 1 × 10⁻⁴).
Wir können darüber hinaus kleinere Short-Read-Sequenzierungsprojekte sowie Long-Read-Sequenzierungsanfragen bearbeiten. Für spezielle Anforderungen sowie zur Gewährleistung der Datenkompatibilität mit laufenden Projekten können weiterhin unsere älteren NovaSeq 6000- und MiSeq-Systeme eingesetzt werden. Die Biomedical Sequencing Facility beobachtet und evaluiert regelmäßig neu aufkommende innovative Technologien.
Eine Liste mit „Services and Pricing“ steht zum Download zur Verfügung.
