Projektbesprechung
Nach einer ersten Kontaktaufnahme mit der BSF, idealerweise über bsf[at]cemm.at, kann ein erstes Gespräch dazu beitragen, den Start und die Durchführung des geplanten Projekts zu beschleunigen. Wir bieten bereits in der Phase der Studienplanung Beratung an, setzen jedoch voraus, dass das geplante Forschungsprojekt von einer Ethikkommission positiv begutachtet wurde.
Wir unterstützen Sie bei der Auswahl des optimalen NGS-Assays, bei der Festlegung der erforderlichen Anzahl an Proben und Replikaten sowie bei der Optimierung der Probengewinnung, um eine möglichst hohe Datenqualität zu erzielen. Idealerweise erhalten unsere Kund:innen dabei eine Einschätzung zur Durchführbarkeit des Projekts, zum zeitlichen Rahmen, zum erforderlichen Budget und zu einem ersten Analyseplan. Darüber hinaus erstellen wir Kostenvoranschläge für Förderanträge. Nach unserer Erfahrung eignen sich sowohl Online- als auch persönliche Besprechungen. Grundsätzlich verfügt die BSF über ausreichende Kapazitäten, um auch größere Projekte ohne vorherige Wartezeiten durchführen zu können.
Projektinitiierung
Die BSF benötigt eine Dokumentation der Metadaten sowohl auf Projektebene als auch für jede eingereichte Probe. Eine umfassende und aussagekräftige Annotation der Metadaten erleichtert unsere initialen Analysen, ohne dass zum Zeitpunkt der Analyse zusätzliche Rückfragen erforderlich sind. Die FAIR-Prinzipien des Datenmanagements – Findable, Accessible, Interoperable and Reusable (auffindbar, zugänglich, interoperabel und wiederverwendbar) – erleichtern die Einreichung von Rohdaten bei öffentlichen Sequenzdatenarchiven wie EMBL-EBI ArrayExpress oder NCBI GEO erheblich. Darüber hinaus benötigen wir ein vom bzw. von der Budgetverantwortlichen – in der Regel dem bzw. der Principal Investigator (PI) – unterzeichnetes Sequencing Authorisation Form.
Probeneinreichung
Nach Übermittlung der Metadatenannotation des Projekts und Durchführung des Experiments können die Proben bei der BSF eingereicht werden. Als Ausgangsmaterial verwenden wir in der Regel extrahierte DNA oder RNA, kleine Pools sortierter Zellen in Lysepuffer oder fixierte Zellsuspensionen. Bitte stellen Sie insbesondere bei RNA-Material sicher, dass dieses auf Trockeneis bei uns eintrifft. Da unsere NGS-Technolog:innen zeitaufwendige und komplexe NGS-Protokolle mit nur wenigen geeigneten Unterbrechungsmöglichkeiten durchführen, können wir persönliche Probeneinreichungen ausschließlich mittwochs zwischen 15:00 und 17:00 Uhr sowie freitags zwischen 13:00 und 15:00 Uhr entgegennehmen.
Die Einreichung lebender Einzelzellsuspensionen muss frühzeitig angekündigt werden, damit sichergestellt werden kann, dass alle erforderlichen Reagenzien vorrätig sind und NGS-Technolog:innen zur Verfügung stehen, um die Proben unmittelbar zu verarbeiten. Dafür vergeben wir zusätzlich zu den regulären Einreichungszeiten individuelle Termine.
Probenmaterial, das per Post versandt wird, sollte möglichst zu Beginn der Woche verschickt werden, um Verzögerungen oder Unterbrechungen des Transports über das Wochenende zu vermeiden.
Initiale Qualitätskontrolle
Die BSF unterzieht sämtliches Ausgangsmaterial einer sorgfältigen Qualitätsprüfung, um optimale Ergebnisse der vergleichsweise kostenintensiven NGS-Assays zu gewährleisten. Sollte eine Probe unsere Qualitätskriterien nicht erfüllen, informieren wir Sie und bitten gegebenenfalls um eine erneute Einreichung. Da Probenmaterial mitunter nur in begrenzter Menge verfügbar und besonders wertvoll ist, können gelegentlich Kompromisse erforderlich sein. In solchen Fällen informieren wir Sie in jedem Fall und stimmen das weitere Vorgehen mit Ihnen ab, bevor kostenintensive Schritte der Probenvorbereitung begonnen werden.
Library-Präparation
Falls eine Library-Präparation beauftragt wurde, versuchen wir sowohl die Wirtschaftlichkeit – beispielsweise durch die gemeinsame Bearbeitung mit Projekten anderer Kund:innen – als auch die Bearbeitungszeit zu optimieren, indem dringende Proben möglichst rasch verarbeitet werden.
Die Library-Präparation kann dennoch einige Zeit in Anspruch nehmen, da NGS-Protokolle komplex sein können und die BSF an kritischen Zwischenschritten Qualitätskontrollen durchführt.
Sequenzierungsservice
Sowohl fertig eingereichte als auch intern präparierte Libraries werden umfassenden Qualitätskontrollen unterzogen. Wenn möglich, können sie mit anderen Libraries gepoolt werden, um unter wirtschaftlichen Gesichtspunkten den erzielbaren Output zu optimieren. Die BSF überwacht die Qualität und Leistungsfähigkeit der Sequenzierungsläufe sorgfältig und gibt die Daten erst frei, nachdem die Qualitätsanforderungen bestätigt wurden. In dem seltenen Fall, dass ein Sequenzierungslauf aufgrund eines Gerätefehlers oder eines Fehlers der vom Hersteller bereitgestellten Reagenzien fehlschlägt, wird der Lauf automatisch wiederholt.
Von Kund:innen bereitgestellte NGS-Libraries, die außerhalb der unterstützten Kriterien liegen – beispielsweise hinsichtlich kundenspezifischer Sequenzierungsprimer, ungewöhnlicher Sample-Index-Sequenzen, Sequenzen mit geringer Komplexität, NGS-Adapter-Dimeren oder ungewöhnlicher Größenprofile – und letztlich bei der Sequenzierung fehlschlagen, können hingegen nicht erneut sequenziert werden. In diesem Fall werden die entstandenen Kosten in Rechnung gestellt.
Da die BSF eingereichte NGS-Libraries umfassenden Qualitätskontrollen unterzieht, werden die meisten Probleme frühzeitig erkannt und bereits vor der Sequenzierung kommuniziert.
Rohdatenkonvertierung und initiale Analyse
Die Rohdaten der Sequenzierungsläufe werden in standardisierte NGS-Formate für Sequenz- und Qualitätsinformationen konvertiert und über einen sicheren Webserver bereitgestellt.
Auf Wunsch kann die BSF eine initiale Datenanalyse durchführen; die Ergebnisse werden ebenfalls über einen sicheren Webserver zur Verfügung gestellt. Die Analyse umfasst üblicherweise die Ausrichtung (Alignment) an Referenzgenom-Assemblies sowie Analysen der differentiellen Expression, Methylierungsanalysen, Peak Calling oder Genotype Calling.
Weitere Qualitätskontrollen, die über die reine Sequenzierungsleistung hinausgehen, sowie eine Beurteilung der Gesamtqualität des Experiments werden per E-Mail übermittelt. Die BSF nutzt den leistungsfähigen CeMM Compute Cluster, sodass die Analyse sensibler Daten intern durchgeführt werden kann.
Projektabschluss
Auch nach Abschluss des Projekts stehen wir für weitere Beratung zu den Projektergebnissen zur Verfügung. Auf Wunsch können zusätzliche Besprechungen stattfinden, um die Ergebnisse, einzelne Analyseschritte oder mögliche Folgeprojekte zu diskutieren.
Datenübergabe und Archivierung
Obwohl die BSF sowohl die Sequenzierungsläufe als auch die daraus extrahierten Rohdaten auf Magnetbändern speichert, kann nicht garantiert werden, dass eine Wiederherstellung nach einem längeren Zeitraum erfolgreich ist. Es liegt daher in der Verantwortung unserer Kund:innen, die Rohdaten auch selbst zu archivieren.
Von der BSF bereitgestellte initiale Analysen werden in der Regel nicht langfristig gespeichert und sind zu einem späteren Zeitpunkt mit neuerer und verbesserter Software möglicherweise nicht vollständig reproduzierbar. Daher empfiehlt es sich, auch diese initialen Analysen selbst zu archivieren.
Die BSF unterstützt Sie gerne bei der Einreichung von NGS-Daten in öffentlichen Archiven, beispielsweise EMBL-EBI Array Express und dem NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) für Daten ohne personenbezogene bzw. personenidentifizierbare Informationen oder dem European Genome-Phenome Archive (EGA) für Datensätze mit personenidentifizierbaren Informationen.
Rechnungsstellung
Nach Abschluss eines Sequenzierungsauftrags senden wir der Kontaktperson zunächst vorläufige Abrechnungsinformationen, bevor die eigentliche Rechnung an den angegebenen Rechnungskontakt übermittelt wird.
Wir können auch dringende Rechnungsanfragen bearbeiten, beispielsweise wenn Fristen für den Abschluss von Projektkonten eingehalten werden müssen. Wichtig ist, dass wir gemäß den gesetzlichen Vorgaben eine Rechnung erst nach vollständiger Erbringung der Dienstleistung ausstellen können.
Wir können jedoch Vorausrechnungen ausstellen, die entsprechend als solche gekennzeichnet werden. Diese werden möglicherweise nicht von allen Förderorganisationen akzeptiert. Bitte erkundigen Sie sich hierzu bei der für Ihr Projekt zuständigen Förderorganisation.
Danksagung
Um den langfristigen Betrieb der BSF sicherzustellen, müssen wir Fördergeber:innen von ihrem Nutzen und ihrer Bedeutung überzeugen. Am besten können Sie uns dabei unterstützen, indem Sie unseren Beitrag in Ihren wissenschaftlichen Publikationen entsprechend erwähnen.
Das Next-Generation Sequencing [und eine initiale Datenanalyse] wurde von der Biomedical Sequencing Facility am CeMM Forschungszentrum für Molekulare Medizin der Österreichischen Akademie der Wissenschaften durchgeführt.
Bei Projekten, die im Rahmen einer kommerziellen Fee-for-Service-Vereinbarung durchgeführt werden, ist eine solche Danksagung nicht zwingend erforderlich, wir würden uns jedoch dennoch darüber freuen.
